Lata 90. przyniosły również poważne wyzwania w Somalii oraz narastające zagrożenie terroryzmem regionalnym. Aby zapobiec powszechnemu głodowi podczas trwającej wojny domowej w Somalii, CENTCOM rozpoczął w 1992 roku w celu dostarczania pomocy humanitarnej do Somalii i północno-wschodniej Kenii. Operation Restore Hope prowadzona przez CENTCOM wspierała rezolucję Rady Bezpieczeństwa ONZ nr 794 i wielonarodowe Unified Task Force, które zapewniały bezpieczeństwo do czasu utworzenia przez ONZ misji UNOSOM II w maju 1993 roku. Pomimo pewnych sukcesów UNOSOM II na obszarach wiejskich sytuacja w Mogadiszu pogarszała się, a znaczne straty poniesione podczas bitwy o Mogadiszu doprowadziły prezydenta Billa Clintona do wydania rozkazu wycofania wszystkich wojsk amerykańskich z Somalii.
W całych latach 90., po wojnie w Zatoce, ataki terrorystyczne miały istotny wpływ na siły CENTCOM. W obliczu takich ataków jak zamach bombowy na Khobar Towers z 1996 roku, w którym zginęło 19 amerykańskich lotników, dowództwo rozpoczęło operację Desert Focus, mającą na celu przeniesienie instalacji USA do łatwiejszych do obrony lokalizacji (takich jak ), zmniejszenie amerykańskiego wysuniętego „śladu” przez likwidację nieistotnych etatów i odesłanie rodzin do Stanów Zjednoczonych.