Przystąpił w roku 1792 do konfederacji targowickiej, w wyniku czego stanął przed sądem. Nie został skazany, gdyż sąd uznał go za niepoczytalnego i umieścił go u bonifratrów, gdzie zmarłFijałkowski 2016: Żydowskie obyczaje, anioły i życie pozagrobowe w pismach księdza Jana Bohomolca. Kwartalnik Historii Żydów nr 1 (257), s. 99. Pochowany na PowązkachRacki 2025, s. 59.
Publikował prace teologiczne i astronomiczne. W tych ostatnich krytykował astrologię i wiarę w to, że pojawienie się komet zapowiada lub powoduje katastrofy i inne nieszczęścia, omawiał też katastrofy naturalne i ich przyczynyRacki 2025, s. 59, z kolei w dwutomowej rozprawie "Diabeł W Swoiey Postaci..." opisywał jako fałszywą wiarę w praktyki magiczne, przy czym obszernie omawiał nie tylko europejskie wierzenia magiczne i przesądy, ale i, na podstawie literatury, analogiczne praktyki z innych kontynentów i kulturKowalewska D., 2013: „Diabeł w swojej postaci” Jana Bohomolca. Obrazy kultur pozaeuropejskich i współczesna paralela. Prace Polonistyczne, seria LXVIII, s. 46-55Fijałkowski 2016, s. 86, 87, 89. "Diabeł W Swoiey Postaci..." był na tyle popularny, że pojawiły się również jego wydania pirackieKowalewska 2013, s. 46. W innych publikacjach bronił doktryn i praktyk katolickichRacki 2025, s. 59Fijałkowski 2016, s. 85.