Proponowano także przeniesienie gatunku do rodzaju Cia.
W wyniku badań genetycznych osobników z Chin wykazano, że historycznie trznadle Godlewskiego uległy zakażeniu dwoma liniami wywołującego u ludzi malarię zarodźca pasmowego, stwierdzono także zakażenia krwinkowcami. Dwa klady trznadla Godlewskiego wydzieliły się około 3,25 mln lat temu. W świetle badań z 2023 roku północne i południowe populacje uznano za dwie grupy monofiletyczne, przy czym klad północny stanowić miał grupę siostrzaną względem głuszka. Przez to przypuszczano, że trznadel Godlewskiego ma charakter polifiletyczny i należałoby wyodrębnić trzy osobne gatunki E. yunnanensis, E. godlewskii i E. cia. Kolejne badania genetyczne dały sprzeczne wyniki. Północne podgatunki w świetle badań genetycznych mtDNA i liczącego około 39 kb nierekombinującego regionu chromosomu W okazały się siostrzane względem , natomiast podgatunki południowe względem głuszka. Badania oparte na chromosomach autosomalnych i chromosomie Z wykazały jednak monofiletyzm trznadla Godlewskiego i potwierdziły, że jest to takson siostrzany względem głuszka, z którym tworzy klad siostrzany z kolei względem trznadla łąkowego. Taksonem bazalnym wobec nich wszystkich jest trznadel Jankowskiego. Ta skomplikowana sytuacja może wynikać z hybrydyzacji i introgresji z E. cioides do trznadla Godlewskiego.