Na podstawie negocjacji ze stroną radziecką miało zostać wdrożone połączenie wojsk radzieckich z jednostkami słowackimi broniącymi części frontu w Karpatach. Jednak Słowackie Powstanie Narodowe wybuchło, zanim udało się je skoordynować z postępem wojsk radzieckich, a dowództwo powstańcze, które miało dowodzić jednostkami we wschodniej Słowacji, również zawiodło. Osiągnięcie zamierzonych celów i połączenie się z Armią Czerwoną okazało się niemożliwe. 4 września 1944 r. Karol Šmidke powrócił na terytorium kontrolowane przez powstańców, a 5 września zdał sprawozdanie z wyników podróży na uroczystym posiedzeniu Słowackiej Rady Narodowej. Razem z Vavrą Šrobárem był w latach 1944–1945 współprzewodniczącym Słowackiej Rady Narodowej. Zajmował również wysokie stanowiska w sztabie głównym oddziałów partyzanckich na Słowacji i w Radzie Obrony Słowacji. Po odejściu oddziałów powstańczych w góry kontynuował pracę podziemną w Preszowie, Bratysławie i Nitrze.