Link dowiaduje się, że wydarzenie w jaskini, znane jako Upheaval, wywołało chaos w Hyrule i wyrusza, aby zbadać doniesienia o dziwnych zjawiskach w całym królestwie. Wyrusza w głąb starożytnych świątyń Zonai po ponownym spotkaniu ze swoimi sojusznikami: Sidonem, księciem, a później królem rasy Zora; Tulinem, młodym łucznikiem z rasy Rito i synem Teby, dawnego sojusznika Linka; Yunobo, przedstawiciela rasy Goron, obecnie prezesem firmy górniczej YunoboCo; oraz Riju, młodym wodzem rasy Gerudo. Po pokonaniu potworów, które opanowały świątynie, Link i jego sprzymierzeńcy odnajdują artefakty zwane sekretnymi kamieniami i spotykają duchy starożytnych mędrców, którzy mianują sprzymierzeńców Linka swoimi następcami i przekazują im sekretne kamienie. Po licznych wzmiankach o Zeldzie w Hyrule, Link odnajduje ją w Zamku Hyrule, gdzie okazuje się być iluzją stworzoną przez Phantoma Ganona, sługę Króla Demonów, Ganondorfa, mumii, którą Link wcześniej spotkał. Po pokonaniu Phantoma Ganona, Link wyrusza na poszukiwanie Mineru, ostatniej ze starożytnych mędrców, która pozostaje w świecie fizycznym dzięki projekcji duchowej. Konstruuje mechaniczne ciało, które później zostaje zamieszkane przez jej ducha.