Dzięki Mineru, starożytnym mędrcom i przedmiotom zwanym Łzami Smoka, rozrzuconym po Hyrule, Link dowiaduje się o losie Zeldy. Znaleziony przez nią artefakt był sekretnym kamieniem, który przeniósł ją do odległej przeszłości, gdzie spotkała Rauru, pierwszego króla Hyrule, i Sonię, jego pierwszą królową. Po tym, jak Ganondorf zabił Sonię i użył jej sekretnego kamienia, by zostać Królem Demonów, Rauru mianował swoją starszą siostrę Mineru, Zeldę oraz przywódców ras Zora, Rito, Goron i Gerudo mędrcami. Z ich pomocą Rauru walczył z Ganondorfem i poświęcił się, by go zapieczętować. Później Zelda otrzymała z przyszłości zniszczony Master Sword i zleciła mędrcom pomoc Linkowi po przebudzeniu Ganondorfa. Aby naprawić Master Sword i przynieść go Linkowi w teraźniejszości, połknęła swój sekretny kamień i przemieniła się w nieśmiertelnego Smoka Światła.