W teraźniejszości, po oczyszczeniu Wielkiego Drzewa Deku z mroku w Lesie Korok, Link odzyskuje naprawiony Master Sword od Smoka Światła i udaje się pod Zamek Hyrule, by stawić czoła Ganondorfowi. Z pomocą Sidona, Tulina, Yunobo, Riju i Mineru, Link walczy z armią potworów, po czym sam atakuje Ganondorfa. Podczas walki, Ganondorf połyka swój sekretny kamień, stając się Demonicznym Smokiem w celu podjęcia ostatecznej próby zabicia Linka. Z pomocą Smoka Światła, Link używa Master Sword, aby roztrzaskać sekretny kamień Demonicznego Smoka, zabijając go. Duchy Rauru i Sonii pomagają Linkowi przywrócić Zeldę do normalnego stanu i przywrócić jego prawą rękę, po czym znikają; on i Zelda spadają na powierzchnię, gdzie ponownie się spotykają. Jakiś czas później, na Great Sky Island, Mineru żegna się z Zeldą i Linkiem, po czym znika, podczas gdy nowi mędrcy przysięgają chronić Hyrule.