Po 17 września 1939 roku na obszarze Kresów Wschodnich doszło również do licznych mordów, napaści i grabieży, których sprawcami były komunistyczne bojówki oraz bandy rabunkowe złożone z miejscowych Białorusinów, Żydów i Ukraińców, często byłych więźniów kryminalnych lub politycznych. Władze sowieckie starały się podburzać mniejszości narodowe do wystąpień przeciwko „polskim panom” oraz tolerowały lub bezpośrednio inspirowały zbrodnie dokonywane przez lokalne bojówki.
Precyzyjne ustalenie liczby obywateli II Rzeczpospolitej, którzy we wrześniu 1939 roku padli ofiarą sowieckich zbrodni, nie jest możliwe. Według najbardziej ostrożnych szacunków liczba ofiar śmiertelnych sięgnęła około 1500, a inne represje i przestępstwa dotknęły maksymalnie 250 tys. osób.
Stosunek żołnierzy Armii Czerwonej do mieszkańców Polski thumb|Antypolski plakat propagandowy z 1939