Wikariat apostolski Athabaski Mackenzie, który objął, był rozległy terytorialne, sięgając kanadyjskiej Arktyki oraz słabo zaludniony. Borykał się z problemami logistycznymi. Bp Grouard, aby je rozwiązać, zbudował dwa parowce oraz łódź do obsługi trzech głównych szlaków wodnych wikariatu. Budowę oraz późniejszą eksploatacje statków zapewniali misjonarze oblaci, co poprawiło zaopatrzenie misji, jednocześnie obniżając koszty i zależność od Kompanii Zatoki Hudsona. Oszczędności przeznaczył na poprawę utrzymania misji oraz zakładanie nowych.
Niepokoiła go rosnąca obecność białych osadników. Na podstawie niedawnych wydarzeń w innych częściach Kanady przewidywał, że osadnictwo doprowadzi do ograniczenia praw Indian, osób francuskojęzycznych i szkół katolickich. W 1899 doradzał rdzennej ludności przy zawieraniu z monarchią brytyjską. Był negatywnie nastawiony do traktatu, uważając, że prawdziwą motywacją rządu było umożliwienie osadnictwa białych. Po jego podpisaniu rząd kanadyjski sfinansował powstanie trzech katolickich szkół z internatem dla dzieci rdzennych mieszkańców. Wikariat utrzymywał zwykłe szkoły, z których cześć bp Grouard przekształcił w sierocińce.