Takie estymatory odpowiadają podstawowemu interwałowi próbkowania. W praktyce zwykle oblicza się też wariancję Allana dla dłuższych czasów uśredniania gdzie jest krokiem bazowym pomiaru. Najprostsze estymatory nienakładające się odrzucają wtedy znaczną część danych, dlatego w metrologii częściej stosuje się estymatory nakładające się, wykorzystujące wszystkie możliwe okna długości .
Dla szeregu błędów czasu estymator nakładający się można zapisać jako:
W praktyce największe znaczenie ma nadal klasyczna postać wariancji Allana dla pomiarów bez martwego czasu, gdzie . W zastosowaniach obliczeniowych najczęściej preferuje się estymatory nakładające się, ponieważ lepiej wykorzystują dostępne dane, zmniejszają niepewność oszacowania dla większych wartości i stały się standardem w praktyce metrologicznej oraz telekomunikacyjnej.
Interpretacja i zastosowania Wariancja Allana została opracowana dla analizy niestabilności częstotliwości w zegarach atomowych i oscylatorach, zwłaszcza tam, gdzie klasyczna wariancja lub odchylenie standardowe zawodzą z powodu obecności szumów o charakterze potęgowym.