W kolejnych latach kwestia lokalizacji seminarium duchownego diecezji katowickiej pozostawała przedmiotem rozbieżności pomiędzy hierarchami polskiego Kościoła a Stolicą Apostolską. Watykan oczekiwał, że uczelnia powstanie na terenie Katowic, podczas gdy prymas Polski, bp August Hlond, opowiadał się za umiejscowieniem śląskiego seminarium w Krakowie. Pogląd prymasa wspierał ówczesny arcybiskup metropolita krakowski, Adam Stefan Sapieha. Stanowisko duchownych motywowane było względami polityczno-kulturowymi. Uznawali oni bowiem, że Kraków w większym stopniu niż Katowice daje gwarancję kształcenia alumnów w środowisku pozbawionym sporów narodowościowych. Hlond ponadto wskazywał na brak odpowiedniego zaplecza akademickiego na Górnym Śląsku, w odróżnieniu od Krakowa. Te same względy zadecydowały również o ulokowaniu w Krakowie seminarium duchownego diecezji częstochowskiej w gmachu przy ulicy Bernardyńskiej.