Nadzorcą budowy obiektu był początkowo architekt Franciszek Rozkoszny, jednak w trakcie prac popadł on w konflikt z Mączyńskim i Gawlikiem, w rezultacie czego od 30 kwietnia 1927 roku nadzór nad realizacją inwestycji przejął rektor seminarium, ks. Stanisław Maśliński.
Budowę gmachu rozpoczęto 1 września 1926 roku. Wówczas rozpoczęto wykopy pod fundamenty obiektu. Zaczęto zwozić także materiały budowlane. Kamień węgielny budynku seminarium poświęcił arcybiskup Krakowa, Adam Sapieha, w obecności biskupa katowickiego, Arkadiusza Lisieckiego, i biskupa częstochowskiego, Teodora Kubiny, 28 listopada 1926 roku. W uroczystości oprócz duchownych wzięli także udział przedstawiciele władz świeckich, m.in. prezydent Krakowa, Karol Rolle, marszałek sejmu śląskiego, Konstanty Wolny i śląski poseł na Sejm RP, Wojciech Korfanty. W budowie gmachu uczestniczyły firmy budowlane zarówno z Małopolski, jak i ze Śląska. Wedle pierwotnych założeń, obiekt miał zostać ukończony do września 1927 roku. Budowa jednak uległa opóźnieniu. Wpływ na ten stan rzeczy miały niekorzystne warunki atmosferyczne zimą 1926/1927, wskutek czego roboty budowlane zostały na pewien czas przerwane i wznowiono je dopiero w lutym 1927 roku.