Muzeum oficjalnie założono 8 maja 1955 roku. Następnie przeniesiono je do Bańskiej Bystrzycy, głównego ośrodka powstania, gdzie utworzono pierwszą wystawę stałą. W 1957 roku decyzją Słowackiej Akademii Nauk muzeum uzyskało status instytucji naukowej. W 1959 roku zorganizowano konkurs na projekt nowego budynku muzeum; zgłosiło się do niego dziewięciu architektów. Zwyciężył projekt Dušana Kuzmy, opracowany w latach 1962–1964. Muzeum przeniosło się do nowego budynku w 1969 roku i pozostaje w nim do dziś. Oficjalne otwarcie nowego gmachu nastąpiło 29 sierpnia 1969 roku, w 25. rocznicę powstania. Głównym akcentem obiektu była rzeźba Obete varujú, zaprojektowana przez . Została ona usunięta po interwencji Układu Warszawskiego w Czechosłowacji, w okresie , w 1972 roku, a następnie przeniesiona do wsi . Zastąpiono ją grobem nieznanego żołnierza i pięcioramienną gwiazdą. Rzeźba powróciła do muzeum w 2004 roku, kiedy otwarto również nową wystawę stałą.
15 sierpnia 1982 roku muzeum zostało uznane za zabytek dekretem Słowackiej Republiki Socjalistycznej nr 255.