Po upadku komunizmu w Czechosłowacji w 1989 roku rozpoczęto zmianę ekspozycji oraz usuwanie z niej przekłamań ideologicznych.

Poza gmachem głównym instytucja posiada trzy oddziały-pomniki w miejscowościach Nemecká, i Tokajík, gdzie hitlerowcy dokonali zbrodni i masakr w latach 1944–1945. Muzeum odpowiada także za słowacką wystawę narodową prezentowaną w Państwowym Muzeum Auschwitz-Birkenau w Oświęcimiu. Jest to muzeum państwowe, finansowane z budżetu państwa i podlegające słowackiemu . Placówka ma status pomnika (). Dyrektorem muzeum jest Marian Uhrin.

Siedziba Budynek muzeum zaprojektował słowacki architekt Dušan Kuzma w stylu brutalistycznym. Inspiracją dla jego formy był širák – tradycyjne nakrycie głowy słowackich pasterzy, z którymi identyfikowali się powstańcy. Gmach znajduje się na wzniesieniu, na miejscu dawnych fortyfikacji, w południowo-wschodniej części centrum miasta. Bryła budynku, wykonana z betonu, została podzielona na dwie części, których wewnętrzne boki są przeszklone;