Po rewolucji październikowej życie stawało się coraz trudniejsze. Początkowo Szpet nie tracił optymizmu i starał się żyć swobodnie. Jeszcze w latach dwudziestych mógł drukować swoje prace, pomimo ostrej krytyki stawiającej mu zarzut idealizmu czy wyobcowanie klasowe. 1929 był rokiem wielkiego przełomu. Władze radzieckie zabroniły Szpetowi zajmowania się jakąkolwiek działalnością ideologiczną. W filozofii radzieckiej został uznany za ideologa kontrrewolucji:
Szpiet został aresztowany w 1935 roku i dwa lata później rozstrzelany w Tomsku. W 1956 roku został pośmiertnie zrehabilitowany. Do tego czasu jego nazwiska nie można było wspominać w oficjalnym obiegu. Dopiero od końca lat 80. zaczęto wznawiać i publikować jego dzieła.
Poglądy filozoficzne Szpet był autorem, który w przełomowym czasie I wojny światowej przyjął program Husserla ukonstytuowania „filozofii jako nauki ścisłej” i zwrócenia jej przeciw „mądrości”. Był najwybitniejszym w Rosji zwolennikiem filozofii fenomenologicznej w okresie międzywojennym.