W 1907 roku Szpet przeniósł się do Moskwy, korzystając z zaproszenia Czełpanowa, który w 1906 roku został profesorem Uniwersytetu Moskiewskiego. Wykładał na Uniwersytecie Moskiewskim, Wyższych Kursach Kobiecych Gerje, w Ludowym Uniwersytecie Szaniawskiego. Poglądy filozoficzne Szpeta uformowały się podczas jego wyjazdów zagranicznych, przede wszystkim do Getyngi, gdzie w latach 1910–1912 w semestrach letnich słuchał wykładów Edmunda Husserla i miał możliwość obcowania z twórcą fenomenologii. W 1916 roku Szpet obronił na Uniwersytecie Moskiewskim pracę magisterską pt. Historia jako problem logiki. W 1921 roku Szpet przerwał swoją działalność pedagogiczną i objął kierownictwo Instytutu Filozofii Naukowej. W 1922 roku w tym instytucie zostali aresztowani i deportowani uczestniczący w jego pracach Siemion Frank i Iwan Iljin. Nazwisko Szpeta również figurowało na liście deportowanych, ale on, odrzucając emigrację z przyczyn ideowych, zdołał pozostać w ojczyźnie. Szpet nie został marksistą, zachowując swoją niezależną pozycję. Swoją znajomość wielu języków wykorzystał do tłumaczenia dużej liczby prac z filozofii, psychologii, logiki i estetyki.