W zastosowaniach metrologicznych GPSDO bywa traktowany jako wygodny i relatywnie tani sposób uzyskania odniesienia częstotliwości powiązanego z UTC. Wytyczne EURAMET opisują GPSDO jako szeroko używane w europejskich laboratoriach wzorce odniesienia dla częstotliwości lub czasu, ale podkreślają, że takie powiązanie z UTC wymaga spełnienia określonych warunków technicznych i metrologicznych. W literaturze metrologicznej podkreśla się też, że urządzenia te nie powinny być uznawane za bezproblemowo „samokalibrujące się”, ponieważ ich niepewność i rzeczywiste parametry działania muszą być oceniane z uwzględnieniem czasu uśredniania, konfiguracji instalacji i sposobu odniesienia do UTC.
Ograniczenia Na właściwości GPSDO wpływają między innymi opóźnienia toru antenowego, warunki propagacyjne, jakość odbioru sygnału satelitarnego, błędy konfiguracji oraz charakterystyka lokalnego oscylatora. Z tego powodu krótkookresowa stabilność i niepewność czasu mogą wyraźnie różnić się między urządzeniami, nawet jeśli wszystkie są długookresowo dyscyplinowane do tego samego systemu nawigacyjnego.