Ograniczenia i krytyka Skala Hamiltona bywa przedmiotem krytyki w środowisku medycznym. Główny zarzut dotyczy faktu, że narzędzie to kładzie niewspółmiernie duży nacisk na objawy takie jak bezsenność, marginalizując jednocześnie wagę poczucia beznadziejności, myśli i działań autodestrukcyjnych oraz skłonności samobójczych. Taka konstrukcja skali może prowadzić do zniekształceń w ocenie skuteczności farmakoterapii.
W badaniach klinicznych lek przeciwdepresyjny może wykazać skuteczność statystyczną wyłącznie dzięki poprawie jakości snu pacjenta, nawet jeśli w tym samym czasie nasileniu ulegną myśli samobójcze. Z drugiej strony, leki powodujące skutki uboczne w postaci dysfunkcji seksualnych lub dolegliwości żołądkowo-jelitowych mogą sztucznie podnosić wynik punktowy w skali, sprawiając, że preparat wydaje się mniej skuteczny w leczeniu samej depresji, niż ma to miejsce w rzeczywistości.
Sam Max Hamilton konsekwentnie zaznaczał, że jego skala służy wyłącznie do oceny nasilenia objawów i nie powinna być w żadnym wypadku traktowana jako samodzielne narzędzie diagnostyczne do rozpoznawania depresji W: P. Bech, A. Coppen (red.)..