Najbardziej zauważalną zmianą konstrukcyjną w stosunku do poprzednika jest pojemniejszy zbiornik paliwa – 14 litrów wobec około 10,3 litra w GN 125 – co znacznie zwiększa zasięg.
Wersje i warianty Model EN 125 produkowany jest w kilku wersjach różniących się wyposażeniem: EN125-HU – wariant bazowy, wyposażony w szprychowane koła, hamulce bębnowe na obu kołach oraz dwa systemy rozruchu: elektryczny i nożny (kickstarter). Opracowany z myślą o rynku meksykańskim i rynkach latynoamerykańskich. EN125-2A – wariant wyższy, wyposażony w odlewane koła aluminiowe, przedni hamulec tarczowy oraz wyłącznie elektryczny rozrusznik. EN125-HUC – wariant przeznaczony głównie na rynek afrykański. EN125-3E / EN125-3F – generacja trzecia, wprowadzona po 2010 roku, dostosowana do chińskiej normy emisji spalin klasy 3 (odpowiednik Euro 3).
Nazwy handlowe na poszczególnych rynkach thumb|Suzuki EN 125 Thunder – wariant indonezyjski