Założył Istituto di Musica w 1891 roku, była to placówka kształcąca przyszłych kompozytorów; mieściła się ona przy Old Mint Street w Valletcie. Uczyli się u niego m.in. Giuseppe Abdilla, Domenico Anastasi, , , Lorenzo Gonzi, . Od 1902 do 1923 roku był kapelmistrzem katedry Świętego Pawła w Mdinie. Był także kapelmistrzem konkatedry świętego Jana w Valletcie. Miał z Marianną dwoje dzieci: syna Victora, psychologa i dziekana wydziału medycyny i chirurgii oraz córkę Bice Mizzi, pianistkę i nauczycielkę muzyki.
Z okazji 100. rocznicy śmierci kompozytora Fortunato and Enrico Mizzi Foundation zorganizowała wystawę, na której zaprezentowano pamiątki po artyście. uczciła 150. rocznicę jego urodzin serią koncertów w 2006 roku, wydała także płytę kompaktową z jego muzyką w 2007 roku. Upamiętniono go na maltańskim znaczku z 2006 roku, zaprojektował go George Vella. W jego rodzinnej miejscowości nazwano jego imieniem plac i liceum. 17 czerwca 2023 roku po blisko 100 latach od premiery Maltańska Orkiestra Filharmoniczna i Chór wystawiły nieobecną od 1927 roku na scenie operę Edith Cavell w Operze Królewskiej w Valletcie w wersji koncertowej.