Dodatkowo linia średnicowa na większości swojego przebiegu w centrum Krakowa prowadziła zbudowanym jeszcze w XIX wieku nasypem kolejowym, który utrudniał komunikację pomiędzy przedzielonymi nim obszarami. Koncepcja poprowadzenia trasy kolejowej na estakadzie w rejonie Wesołej, Kazimierza i Grzegórzek, z jednoczesną likwidacją dotychczasowego nasypu, opracowana została jako najbardziej optymalne rozwiązanie w kontekście zaradzenia wspomnianym trudnościom komunikacyjnym.
Przetarg na modernizację linii kolejowej na odcinku Kraków Główny Towarowy – Rudzice, którego to projektu elementem była budowa estakad kolejowych w centrum Krakowa, zarządca infrastruktury, spółka PKP Polskie Linie Kolejowe, ogłosił w grudniu 2015 roku. Otwarcie ofert nastąpiło w październiku 2016 roku. Najtańszą ofertę złożyło konsorcjum złożone ze spółek Mota-Engil, Mostostal Warszawa i . Konsorcjum to zostało jednak wkrótce wykluczone z przetargu przez zamawiającego, który wybrał konkurencyjną ofertę złożoną przez konsorcjum firm Strabag i Krakowskie Zakłady Automatyki. Wykluczone konsorcjum złożyło od tych decyzji odwołanie do Krajowej Izby Odwoławczej, co opóźniło procedurę wyłaniania wykonawcy inwestycji.