Izba oddaliła jednak odwołanie, wskutek czego PKP PLK podpisały umowę na wykonanie robót z wyłonionym uprzednio konsorcjum firm Strabag i Krakowskie Zakłady Automatyki 18 kwietnia 2017 roku.
Prace budowlane związane z przebudową linii średnicowej rozpoczęły się w lipcu 2017 roku. Wstępnie zakładano, że roboty odbywać się będą przy utrzymanym ruchu pociągów w systemie wahadłowym po jednym torze na częściowo rozebranym nasypie. Obok tego ostatniego na odcinku między ulicami Kopernika i Miodową powstawać miałaby konstrukcja estakad. Po wykonaniu gotowych wiaduktów, ruch pociągów, wciąż w systemie jednotorowym, zostałby przeniesiony na tor prowadzący częściowo ukończonymi estakadami, co umożliwić miałoby rozbiórkę pozostałej części nasypu i budowę kolejnych elementów konstrukcji estakad, na których zaplanowano poprowadzenie pozostałych trzech torów kolejowych. W toku prowadzenia prac ustalono jednak, że ich wykonywanie w tym systemie jest niemożliwe, co spowodowało czasowe wyłączenia ruchu pociągów pasażerskich na przebudowywanej linii średnicowej. Konstrukcja pierwszych przęseł budowanej estakady wzdłuż ulicy Blich ukończona została w stanie surowym w sierpniu 2018 roku.