Do wskazań wymienianych w wytycznych dotyczących ultrasonografii miednicy należą między innymi ocena bólu miednicy, guzów miednicy, dyspareunii, ciąży pozamacicznej, zaburzeń endokrynologicznych, bolesnego miesiączkowania, braku miesiączki, , krwawienia po menopauzie, niepłodności, podejrzenia zakażenia w obrębie miednicy, wad wrodzonych narządów płciowych oraz lokalizacji wkładki wewnątrzmacicznej.
W ginekologii ultrasonografię przezpochwową wykorzystuje się do określenia wielkości, położenia i kształtu macicy, rozpoznawania i oceny wad macicy, wykrywania nieprawidłowości trzonu macicy, w tym mięśniaków i innych guzów, oceny grubości oraz echogeniczności endometrium, a także oceny jajników. Badanie może służyć do wykrywania zmian jajnikowych, w tym guzów litych, torbielowato-litych oraz torbieli. Stosuje się je również do monitorowania cyklu miesiączkowego, oceny wzrostu pęcherzyków jajnikowych, określania fazy cyklu, nadzoru nad wybranymi procedurami oraz określania położenia wkładki wewnątrzmacicznej.