Przed jej wykonaniem konieczna jest więc kwalifikacja lekarska, omówienie przeciwwskazań oraz przedstawienie możliwych powikłań i ograniczeń.
W laboratorium istotne znaczenie ma ograniczenie ryzyka uszkodzenia oocytów przez krioprotektanty, temperaturę, nieprawidłowe tempo chłodzenia lub ogrzewania oraz niewłaściwe przechowywanie. Wytyczne zwracają uwagę na znaczenie przeszkolenia personelu, standaryzacji procedur i kontroli jakości. W odniesieniu do systemów otwartych, w których próbka ma kontakt z ciekłym azotem, opisywano teoretyczne ryzyko zanieczyszczenia krzyżowego, jednak w piśmiennictwie dotyczącym rozrodu wspomaganego nie odnotowano potwierdzonego przeniesienia choroby na człowieka w tym mechanizmie.
W planowanej kriokonserwacji oocytów podkreśla się także potrzebę rzetelnego informowania o niepewnościach dotyczących długoterminowych wyników, w tym o ograniczonym zakresie danych odnoszących się do późniejszego zdrowia potomstwa w bardzo długiej perspektywie.