Typy macierzy kowariancji W praktycznych implementacjach często ogranicza się postać macierzy kowariancji, aby zmniejszyć liczbę parametrów, poprawić stabilność estymacji albo przyspieszyć obliczenia. Typowe warianty to: pełna kowariancja – każda składowa ma własną pełną macierz kowariancji; wspólna kowariancja – wszystkie składowe mają tę samą pełną macierz kowariancji; kowariancja diagonalna – każda składowa ma własną diagonalną macierz kowariancji; kowariancja sferyczna – każda składowa ma własną wariancję skalarną, tak że macierz kowariancji jest wielokrotnością macierzy jednostkowej.
Pełne macierze kowariancji dają największą elastyczność, ponieważ pozwalają modelować skupienia eliptyczne o dowolnej orientacji. Warianty diagonalne i sferyczne są prostsze, ale mogą być niewystarczające, gdy zmienne są silnie skorelowane.
W modelowym grupowaniu często stosuje się też bardziej szczegółowe, parametryczne rodziny macierzy kowariancji. Przykładem są modele parsimonious Gaussian clustering, w których ogranicza się objętość, kształt i orientację elipsoid kowariancji, zmniejszając liczbę parametrów i ułatwiając porównywanie modeli.