Więzień w Korei Północnej 25 czerwca 1950 wybuchła wojna koreańska. Dzień później ks. Quinlan został trafiony odłamkami pocisku. W lipcu 1950 został aresztowany przez północnokoreańskich komunistów. Kolejne trzy lata spędził w komunistycznym obozie koncentracyjnym w skrajnie złych warunkach, przez większość czasu, podobnie jak współosadzeni, będąc na skraju śmierci głodowej. Irlandia, nie mając przedstawicielstw dyplomatycznych ani na południu, ani na północy Korei, nie miała żadnych informacji o swoich obywatelach. W ojczyźnie ks. Quinlana uznano za zmarłego, a nawet odprawiano za niego msze żałobne.
Wziął udział w marszu śmierci – 193-kilometrowym zimowym marszu przez góry w temperaturach poniżej zera. Ponad 100 jego uczestników zmarło z wyczerpania lub zostało zastrzelonych za odstawanie od grupy. Ks. Quinlan według wspomnień współwięźniów, opatrywał rany, pocieszał innych uczestników i grzebał zmarłych.
Uwolniony został w kwietniu 1953 i przez Związek Sowiecki wrócił do Irlandii.
Episkopat W 1954 powrócił do Korei Południowej, gdzie został regentemRegent w dyplomacji papieskiej był wysokiej rangi dyplomatą, pełniącym obowiązki szefa misji w przypadku nieobecności delegata apostolskiego. W dyplomacji świeckiej odpowiada mu funkcja chargé d'affaires.