W prywatnych listach Porter wyrażał pogardę dla umiejętności Pope’a, co później wykorzystano przeciwko niemu jako dowód na celowe sabotowanie działań wojennych.
W 1863 roku sąd wojskowy uznał go za winnego i wydalił z armii „na zawsze”, zakazując mu sprawowania jakichkolwiek funkcji publicznych.
Po wojnie wyszły na jaw raporty generałów konfederackich (w tym Jamesa Longstreeta). Potwierdziły one, że Porter miał rację – gdyby zaatakował tak, jak chciał Pope, jego oddziały zostałyby zmasakrowane przez znacznie liczniejszego przeciwnika.
Komisja Schofielda – specjalna komisja powołana w 1878 przez prezydenta Hayesa – zbadała sprawę i całkowicie oczyściła Portera z zarzutów. Raport stwierdzał, że jego decyzja o wstrzymaniu ataku prawdopodobnie uratowała armię Unii przed całkowitą klęską.
Po długich bataliach politycznych w Kongresie, prezydent Grover Cleveland podpisał w 1886 r. ustawę przywracającą Porterowi rangę pułkownika (z datą wsteczną), tym samym Porter został zrehabilitowany. Dwa dni później przeszedł na emeryturę wojskową, odzyskując honor i uznanie w oczach opinii publicznej. Zmarł w 1901 roku jako postać w pełni oczyszczona z zarzutów zdrady.