W okresie od 24 marca 1999 do 24 lutego 2003 zajmował funkcję zastępcy dowódcy 36 splt.
25 lutego 2003 w wieku 37 lat został dowódcą 36 specjalnego pułku lotnictwa transportowego. W 2004 płk dypl pil. Tomasz Pietrzak odbył trening na symulatorze Tu-154, który odbywali wyznaczeni piloci raz do roku i trwał tylko pięć godzin zamiast w formie szkolenia przez 40 godzin, a zaplanowane jako trening było przez Dowództwo Sił Powietrznych. 27 sierpnia 2008 płk dypl. Piotr Pietrzak przekazał dowodzenie dla ppłk. dypl. pil. Ryszarda Raczyńskiego i jednocześnie w wieku 42 lat przeszedł do rezerwy. Podczas uroczystości przekazania obowiązków dowódcy 36 specjalnego pułku lotnictwa transportowego, która odbyła się w Wojskowym Porcie Lotniczym 27 sierpnia 2008 m.in. powiedział: Czekałem na samoloty jedenaście lat, od kiedy przyszedłem do pułku, mówiono o nowych samolotach i śmigłowcach, od tego czasu nie zrobiono nic. Dowodziłem pięć lat, myślałem, że uda mi się coś zrobić, byłem w trzech komisjach przetargowych, niestety do tej pory przetargi nie zostały rozstrzygnięte, nie chciałbym firmować moim nazwiskiem takiego stanu rzeczy.
Był pilotem klasy mistrzowskiej z nalotem ponad 3300 godzin.