Zbiory Placówka skupia się wokół kultury ludowej wszystkich grup etnicznych i narodowych zamieszkujących współcześnie, jak i dawniej tereny Warmii i Mazur. Kolekcja muzeum obejmuje archiwa, zbiory etnograficzne, archeologiczne, historyczne oraz biblioteczne związane przede wszystkim z Mazurami. Zbiory obejmują m.in. przedmioty codziennego użytku (meble, naczynia, tekstylia, kafle, sprzęty gospodarstwa domowego, w tym służące do przygotowania, przechowywania żywności i utrzymania higieny), odzież, akcesoria obrzędowe i sztukę ludową (głównie malarstwo i drewniane płaskorzeźby powiązane z tematyką sakralną, antropomorficzną oraz zoomorficzną), dokumenty, archiwalne filmy i fotografie. W zbiorach znajdują się prace artystów takich jak: Tymoteusz Muśko – nazywany „Nikiforem Północy”, Aleksander Słomiński z Dąbrówki Nowej, Stanisław Cierniak z Kolonii Rybackiej, Stanisław Rek ze Szczepanek, Erazm Szyszko z Biskupca, Jan Girwidz z Węgorzewa czy Helena Iwaszkiewicz z Giżycka.