Biblioteka muzealna gromadzi opracowania z zakresu etnografii i nauk pokrewnych, archeologii, muzealnictwa, historii, historii sztuki, językoznawstwa, rzemiosła i rękodzieła, a także twórczości ludowej. Księgozbiór obejmuje publikacje dotyczące dziejów i kultury mniejszości narodowych, etnicznych i wyznaniowych zamieszkujących północno-wschodnią Polskę, jak również Polaków żyjących poza granicami kraju. Część zbiorów stanowią także rekonstrukcje wnętrz wiejskich chat, ukazujące warunki życia mieszkańców regionu w przeszłości.
Park etnograficzny mały|Zabytkowa kuźnia w parku etnograficznym w Węgorzewie W bezpośrednim sąsiedztwie muzeum znajduje się Park Etnograficzny położony nad rzeką Węgorapą, utworzony w 1994 r. w celu uratowania ostatnich mazurskich chałup podcieniowych oraz obiektów budownictwa wiejskiego. Prezentowane są tam przykłady tradycyjnej architektury mazurskiej:
drewniana remiza strażacka z końca XIX w. z Ołownika z ekspozycją sprzętu strażackiego,
kuźnia z przełomu XIX i XX w. w konstrukcji muru pruskiego z Zabrostu Wielkiego,
drewniana chałupa nr 16 z Krzyżewa z ok. 1825 r.,
zrekonstruowana drewniana chałupa nr 10 z Krzyżewa z 1838 r.,
zrekonstruowana drewniana chałupa nr 35 z Woźnic z końca XVIII w.,