Santo Spirito Hospital (, , ), pierwotnie znany jako St. Francis Hospital – dawny szpital w Rabacie na Malcie, który funkcjonował co najmniej od XIV wieku do 1967. Od 1994 w budynku szpitala mieści się siedziba główna Państwowego Archiwum Malty.
Historia Szpital Santo Spirito powstał w późnym średniowieczu jako Szpital św. Franciszka (, ) na przedmieściu Rabat, położonym poza murami Mdiny, wówczas głównej osady na Malcie. Jest to najstarszy znany szpital na Malcie i jest uważany za jeden z najstarszych w Europie, a nawet na świecie.
Szpital św. Franciszka mógł zostać założony już w 1299, a rejestr przechowywany w Apostolskim Archiwum Watykańskim sugeruje, że funkcjonował już za panowania króla Fryderyka III Sycylijskiego w drugiej połowie XIV wieku. Najwcześniejszy znany niekwestionowany zapis dotyczący administracji szpitala to dokument z 4 grudnia 1372 przechowywany w .
Szpital został nazwany na cześć świętego Franciszka z Asyżu i był prowadzony przez franciszkanów, których klasztor przylegał do budynku szpitala. Niektóre późniejsze źródła podają, że funkcjonował jako leprozorium, ale nie ma na to współczesnych dowodów. Na początku XV wieku zarządzanie szpitalem przez franciszkanów spotkało się z krytyką.