Na fasadzie szpitala nadal znajduje się okno, znane jako ruota degli esposti, gdzie można było zostawiać niechciane dzieci pod opieką szpitala.

Zapisy ze szpitala z XV i XVI wieku są przechowywane w Muzeum Katedralnym w Mdinie i stanowią pierwotne źródło informacji o Malcie z okresu późnego średniowiecza i wczesnej ery nowożytnej.

W okresie rządów rycerzy szpitalników, między XVI a XVIII wiekiem, szpital był prowadzony przez Wielkich Mistrzów Zakonu św. Jana. Budynek odrestaurowano w XVII wieku, a w 1688 jego kościół (również pod wezwaniem Ducha Świętego) został, pod auspicjami wielkiego mistrza Gregorio Carafy przebudowany. W XVIII wieku, za czasów magistratu António Manoela de Vilheny szpital został rozbudowany. W budynku znajduje się lub znajdowało się kilka łacińskich inskrypcji z XVII i XVIII wieku, w tym niektóre odnoszące się do wielkich mistrzów Alofa de Wignacourta, Antoine’a de Paule, Martina de Redina, Carafy i Vilheny.

Budynek był wykorzystywany jako szpital rekonwalescencyjny do 1883, a później pełnił funkcję szpitala aż do 1967. Budynek pozostawał następnie w stanie ruiny przez wiele lat, aż do lat 80.