Był związany z przygotowaniem londyńskiej farmakopei wydanej w 1618 roku przez .
thumb|left|upright|Ilustracja z Theatrum Botanicum (1640) Na początku panowania Karola I Parkinson został królewskim botanikiem. Anna Parkinson, daleka krewna i biografka Johna Parkinsona, wiązała jego funkcję na dworze Karola I m.in. z wprowadzeniem królowej Henrietty Marii w środowisko dworskich znawców ogrodnictwa. Dzieło Paradisi in Sole Parkinson zadedykował właśnie królowej, a sam tytuł zawierał grę słów z jego nazwiskiem: „Park-in-Sun”.
Parkinson był katolikiem, co w XVII-wiecznej Anglii wiązało się z ograniczeniami społecznymi i politycznymi. Według nie uczestniczył w nabożeństwach parafialnych, a wojna domowa w Anglii podzieliła także jego rodzinę. Zmarł latem 1650 roku i został pochowany 6 sierpnia w kościele St Martin-in-the-Fields.
Ogród i kontakty botaniczne mały|Rycina narcyzów z dzieła Parkinsona Paradisi in Sole Paradisus Terrestris (wyd. 1656) Parkinson mieszkał w , a ogród botaniczny prowadził przy Long Acre w Covent Garden, w rejonie ogrodów produkcyjnych zaopatrujących Londyn. Na podstawie jego własnych pism i źródeł z epoki John Riddell szacował, że ogród miał co najmniej dwa akry i prawdopodobnie był otoczony murem. Zapisano w nim 484 typy roślin, a nasiona pozyskiwali tam m.in.