Kontrowersje Działalność „Błyskawicy” pozostaje przedmiotem sporów historycznych. Część badaczy podkreśla znaczenie oddziału w oporze przeciwko narzuconej Polsce władzy komunistycznej, wskazując na jego rolę w obronie lokalnej społeczności i kontynuacji walki o niepodległośćK. Krajewski, T. Łabuszewski, Ogień i jego żołnierze..
Inni historycy zwracają uwagę na przypadki działań wymierzonych przeciw osobom cywilnym oraz przedstawicielom mniejszości narodowych, które miały miejsce podczas działalności zgrupowania. Ocena odpowiedzialności dowództwa za poszczególne wydarzenia pozostaje przedmiotem badań naukowych i debat publicznychD. Jarosz, M. Pasztor, Polska 1944–1956, Warszawa 2003..
Operacje przeciwko zgrupowaniu W drugiej połowie 1946 roku komunistyczne władze rozpoczęły zakrojoną na szeroką skalę akcję likwidacji podziemia niepodległościowego na Podhalu. W operacji uczestniczyły jednostki Korpusu Bezpieczeństwa Wewnętrznego, Wojska Polskiego, Milicji Obywatelskiej i Urzędu BezpieczeństwaAtlas polskiego podziemia niepodległościowego 1944–1956..
W wyniku licznych obław, aresztowań oraz rozbudowy sieci agenturalnej struktury „Błyskawicy” zostały stopniowo osłabione. Dodatkowym czynnikiem była ogłoszona w lutym 1947 roku amnestia dla członków podziemiaA.