Do okupowanego Krakowa powrócił w 1941 i zamieszkał w raz z córką. Jako były funkcjonariusz Policji Państwowej Drożański miał nakaz zgłoszenia się do służby w Policji Polskiej Generalnego Gubernatorstwa (tzw. „granatowej policji”) jako zastępca komendanta w Krakowie, jednocześnie działając w konspiracji dla Związku Walki Zbrojnej (AK) w stopniu majora. Konspiracje tworzył w raz z płk. Romanem Sztabą, który stał na czele konspiracyjnej policji i mjr. Franciszkiem Erhardem, komendantem Policji Polskiej miasta Krakowa. Aktywnie działał na rzecz polskiego ruchu oporu, m.in. kierował policjantów na teren getta krakowskiego, aby pomagali ludności żydowskiej oraz dostarczali informacji o łapankach, egzekucjach i ruchach wojsk niemieckich, a także wystawił fałszywe dokumenty zagrożonym osobom. 21 marca 1944 Gestapo aresztowało Ludwika Drożańskiego w ramach likwidacji policyjnej siatki konspiracyjnej. Był torturowany w więzieniu Montelupich w Krakowie. Razem z innymi aresztowanymi policjantami oskarżonymi o zdradę wojskową został rozstrzelany 31 lipca 1944 na krakowskich Krzemionkach. Przed egzekucją torturowanym zalewano usta gipsem, aby nie mogli krzyczeć.