W przeciwieństwie do unii bankowej inicjatywa obejmuje państwa o odmiennych systemach prawnych i nie zakłada pełnej harmonizacji, a według Europejskiego Banku Centralnego samo zbliżanie regulacji nie gwarantuje integracji finansowej, która wymaga równego dostępu do usług i równego traktowania. W odniesieniu do MŚP wskazywano, że dostęp do kapitału podwyższonego ryzyka może prowadzić do krótszych okresów utrzymywania inwestycji i większej zmienności, a koncentracja ryzyka w mniej elastycznych podmiotach finansowych skłania banki do ograniczania finansowania.
Projekt budził również spory polityczne między państwami członkowskimi. W ocenie Międzynarodowego Funduszu Walutowego większość działań niezbędnych do integracji leży po stronie państw członkowskich, gdzie utrzymują się rozbieżności co do dokończenia unii bankowej oraz harmonizacji podatków u źródła i reżimów upadłościowych, a uprawnienia są przekazywane ESMA jedynie stopniowo.