Wzór zębowy owocników obejmuje w szczęce 2 siekacze, jeden kieł, 3 przedtrzonowce i pojedynczy ząb trzonowy. W połówce żuchwy znajdują się natomiast pojedynczy siekacz, pojedynczy kieł, 3 przedtrzonowce i 2 zęby trzonowe. W sumie daje 28 zębów. Jest to mniej niż u kulecznika czy też skrzydłoplamka. Siekacze szczękowe są tej samej wielkości, przy czym pierwszy jest prosty i cienki, a kolejny bardziej korpulentny, ma też dłuższe korzenie i zgiętą przyśrodkowo koronę. Kieł górny jest mały i słabo rozwinięty, lekko zakrzywia się. Następuje po nim niewielki przedtrzonowiec pierwszy. Z kolei przedtrzonowiec trzeci jest duży i trójkątny, jeśli oglądany z boku. W kierunku tylnym zęby są coraz mniejsze i bardziej prostokątne. Uzębienie żuchwy rozpoczyna bardzo mały, lekko podzielony siekacz. Ma dłuższą stronę wewnętrzną. Stanowi cechę odróżniającą owocnika borneańskiego od sympatrycznego Chironax melanocephalus, czyli czapecznika owocożernego, o dwóch siekaczach w połówce żuchwy. Leżący za nim kieł również jest mały. Nieznacznie się on zakrzywia. Pierwszy z przedtrzonowców jest zaostrzony, a trzeci znacznie większy i trójkątny z boku. Wysokością nie różnią się one od siebie. Następnie występują zęby trzonowe o niewielkiej wysokości, ogólnie małe.