Holotyp to skóra, czaszka i szkielet pozaczaszkowy dorosłej samicy (sygnatura MCZ:Mamm:36582) ze zbiorów Muzeum Zoologii Porównawczej w Cambridge; okaz typowy zebrał amerykański ornitolog John Augustus Griswold Jr. 12 lipca 1937.
Owocnik borneański należy do rodzaju owocnik, obejmującego 2 gatunki nietoperzy. Drugim jest owocnik karłowaty (Aethalops alecto). Nie ma wśród autorów pełnej zgody co do odrębności tych dwóch gatunków i niektórzy uznają owocnika borneańskiego za podgatunek owocnika karłowatego. Pojawiają się też opinie, że skoro owocnik borneański uznany został za odrębny gatunek, to i pozostały jeszcze w obrębie owocnika karłowatego podgatunek Aethalops alecto ocypete również należy uznać za osobny gatunek. Byłyby więc 3 gatunki owocnika (A. a. ocypete nie posiada polskiej nazwy, ponadto Polskie nazewnictwo ssaków świata wyróżnia jeszcze jeden podgatunek owocnika karłowatego). Celem rozwikłania problemu odrębności gatunków owocnika poczyniono badania genetyczne dotyczące 12S RNA, wykrywając istotny dystans genetyczny między gatunkami.