W 1925 przeniósł się do Charkowa, gdzie kierował zorganizowanym przez siebie Ukraińskim Instytutem Naukowo-Badawczym Geografii i Kartografii, a w 1929 objął pierwszą katedrę geografii we Wszechukraińskiej Akademii Nauk. W 1933 został aresztowany przez OGPU pod sfabrykowanym zarzutem i usunięty z Akademii jako „propagator faszyzmu w geografii”. Osadzony w Obozie Sołowieckim (SŁON). 9 października 1937 „trójka specjalna” NKWD obwodu leningradzkiego RFSRR skazała jednym wyrokiem listę 1116 więźniów Sołowek na śmierć. Na liście znajdowało się nazwisko Rudnyckiego. Stracony 3 listopada 1937 razem z Wołodymyrem Czechiwskim, Łesiem Kurbasem, Mykołą Kuliszem, Ołeksą Slisarenką, Mykołą Zerowem, Myrosławem Irczanem, Pawłem Fyłypowyczem i in. w masowej egzekucji ukraińskich twórców i działaczy społecznych na uroczysku Sandarmoch w Karelii. Zrehabilitowano go w 1965.