W służbie papieskiej Kanzler wstąpił do służby papieskiej w 1845 roku. W 1848 walczył przeciwko Austrii. W 1859 został mianowany dowódcą 1 Pułku Armii Papieskiej, a w 1860 roku głównodowodzący generał Lamoricière awansował go na stopień generała. Była to nagroda za jego brawurowe przebicie się z Pesaro do Ankony przez kordon wojsk piemonckich. Od października 1865 roku był głównodowodzącym sił zbrojnych papiestwa oraz papieskim proministrem ds. zbrojnychDavid Alvarez: The Pope's Soldiers: A Military History of the Modern Vatican. University Press of Kansas, 2011..
Dowodził wojskami papieskimi podczas zwycięskiej bitwy pod Mentaną (3 listopada 1867), pokonując siły Garibaldiego (zgodnie z ówczesnymi szacunkami ok. 4700 ochotników Garibaldiego starło się z 12 000 żołnierzy po stronie papiesko-francuskiej, wspieranej zbrojnie przez Francję)Andreas Niedermayer: Die Streiter für den apostolischen Stuhl im Jahre 1867. Verlag für Kunst und Wissenschaft, Frankfurt am Main 1867, s. 7.. W kolejnych latach Kanzler kontynuował wzmacnianie armii poprzez nowy zaciąg i prace fortyfikacyjne.