Ekspedycja Nimrod (1907–1909) Ernest Shackleton (1874–1922), po wcześniejszym udziale w ekspedycji Discovery (1901–1904) Roberta Falcona Scotta (1868–1912), zorganizował Brytyjską Ekspedycję Antarktyczną (ang. British Antarctic Expedition), której – jako pierwszej brytyjskiej wyprawie – postawił za cel dotarcie do bieguna południowego. Mackintosh, mimo stosunkowo młodego wieku, otrzymał stanowisko nawigatora i drugiego oficera statku ekspedycyjnego „Nimrod” w rejsie do Lyttelton w Nowej Zelandii, a później awansował na członka grupy lądowej.
31 stycznia 1908 roku, podczas operacji przeładunku zapasów w cieśninie McMurdo Sound, Mackintosh został uderzony hakiem w oko, które zostało usunięte przez chirurga ekspedycji Erica Marshalla (1879–1963). Wskutek wypadku został czasowo wyłączony z czynnej służby, a Shackleton odesłał go na leczenie do Nowej Zelandii. Rok później w drodze powrotnej, 1 stycznia 1909 roku „Nimrod” został zablokowany przez lód ok. 40 km od bazy wyprawy na Cape Royds. 3 stycznia Mackintosh poprowadził grupę trzech marynarzy, którzy idąc pieszo, ciągnęli sanie z zaopatrzeniem i pocztą. Dwóch marynarzy wkrótce wróciło się na statek, a Mackintosh i Michael McGillion (1885–1962) parli do bazy w ciężkich warunkach pękającego lodu, docierając w końcu na jęzor lodowca i dalej idąc lądem.