W 1912 roku poślubił Gladys Campbell. Para miała dwie córki: Pamelę Aileen Mackintosh (1912–2000) i Gladys Elisabeth Mackintosh (1914–2011). Później przez pewien czas pracował jako zastępca sekretarza gildii Imperial Merchant Sailor’s Guild w Liverpoolu.
Imperialna Wyprawa Transantarktyczna (1914–1916) 320px|left|thumb|Grupa Morza Rossa (ang. Ross Sea party) – w drugim rzędzie, siedzący trzeci z lewej pośrodku Aeneas Mackintosh Na początku drugiej dekady XX wieku Ernest Shackleton rozpoczął przygotowania do nowej, ambitnej wyprawy, której celem było pierwsze w historii przejście przez kontynent antarktyczny od Morza Weddella do Morza Rossa.
W ramach tego przedsięwzięcia utworzono dwie niezależne grupy: pierwsza grupa pod kierownictwem Shackletona – Grupa Morza Weddella (ang. Weddell Sea Party) – miała przejść od Morza Weddella przez biegun południowy do cieśniny McMurdo Sound na Morzu Rossa, a druga – Grupa Morza Rossa (ang. Ross Sea Party) – miała założyć bazę w McMurdo Sound, rozstawić składy zaopatrzenia dla Shackletona idącego od bieguna na północ, a następnie wyjść naprzeciw ekipie trawersującej kontynent i spotkać ją na Lodowcu Beardmore’a. Mackintosh został wyznaczony przez Shackletona na dowódcę Grupy Morza Rossa i kapitana statku „Aurora” (dawnego statku Australijsko-azjatyckiej Wyprawy Antarktycznej (1911–1914)).