Przemiany były częścią cyklu powieściowego, który Prus zamierzał stworzyć. Zachowane notatki robocze wskazują, że Prus planował znacznie szerszy rozwój fabuły. Według jednego ze szkiców główny bohater Józef Trawiński miał po rozpoczęciu studiów zaangażować się w działalność socjalistyczną, zostać zesłany na Syberię, a po osobistych tragediach przejść duchową przemianę i poświęcić się działalności apostolskiej.
Zachowane notatki do powieści wskazują, że tytułowe „przemiany” miały oznaczać szerokie przemiany społeczne i światopoglądowe zachodzące między drugą połową XIX a początkiem XX wieku. Prus przeciwstawiał sobie między innymi wiarę i ateizm, patriotyzm i kosmopolityzm, antysocjalizm i socjalizm, urodzenie i zdolności, majątek i pracę oraz idealizm i realizm. Badacze zwracają uwagę, że powieść i zachowane notatki do niej odzwierciedlają osobiste doświadczenia Prusa, m.in. jego fascynację wynalazkami oraz motywy utraty wzroku i agorafobii.