Pierwszym wydawnictwem pod egidą nowej wytwórni był wydany singel „Show Time”, a niedługo później, 9 lipca tego samego roku, na rynek trafił ich drugi album studyjny, zatytułowany Second 9.
W styczniu 2009 roku ogłoszono, że trzy członkinie z pierwotnego składu: Mai Yoshida, Midori Yamaoka oraz Marie Ashida, zakończą swoją działalność w 9nine pod koniec marca tego samego roku.
2010–2014: Reorganizacja grupy, wzrost popularności i koncert w Nippon Budōkan Pod koniec lata 2010 roku z grupy odeszły dwie kolejne członkinie: Moe Miura oraz Madoka Shimogaki. We wrześniu tego samego roku formacja przeszła gruntowną reorganizację, zmieniając swój wizerunek i przekształcając się w grupę taneczno-wokalną, co wiązało się z większym naciskiem na choreografię i występy na żywo. W tym samym czasie podpisały kontrakt z nową wytwórnią płytową SME Records oraz oficjalnie zaprezentowały dwie nowe członkinie: Kanae Yoshii i Hironę Muratę. Nowy skład zadebiutował pod koniec roku. Pierwszym wydawnictwem po reorganizacji był singel „Cross Over”, który trafił do sprzedaży 1 grudnia nakładem SME Records. Tytułowy utwór został wykorzystany jako pierwszy motyw końcowy w serialu anime Star Driver: Kagayaki no Takuto.