Motywacje intruzów są ukierunkowane zarówno na cele polityczne czy militarne, jak i na długoterminowe korzyści finansowe, a kluczowymi cechami tego rodzaju przedsięwzięć pozostają wytrwałość, umiejętność ukrywania się w środowisku ofiary oraz konsekwencja w osiąganiu założonych celów strategicznych.
W odróżnieniu od masowych kampanii złośliwego oprogramowania atak APT jest wymierzony w konkretną organizację lub wąską grupę ofiar, poprzedzony rozpoznaniem celu i prowadzony z użyciem wielu technik naraz; napastnicy zwykle ignorują przy tym dane, które nie odpowiadają ich „zleceniu” (np. dane kart płatniczych), koncentrując się na poświadczeniach otwierających dostęp do kolejnych systemów ofiary. Interdyscyplinarny charakter ataków APT, integrujący wiedzę techniczną, socjotechnikę oraz inżynierię bezpieczeństwa, powoduje, że zagrożenia te są szczególnie trudne do wykrycia i neutralizacji, nawet przy zastosowaniu zaawansowanych systemów wykrywania włamań i procedur reagowania na incydenty.