Po przyjęciu słoweńskiej ustawy o ochronie przyrody w 1999 roku przygotowano nowe podstawy prawne funkcjonowania parku. W 2004 roku rząd Słowenii wydał rozporządzenie ustanawiające Park Krajobrazowy Strunjan jako obszar chroniony szczebla państwowego oraz określające jego granice, reżimy ochronne, zasady zarządzania i kierunki zrównoważonego rozwoju.
Pod koniec 2008 roku utworzono publiczny zakład Javni zavod Krajinski park Strunjan, któremu powierzono zarządzanie obszarem, prowadzenie ochrony przyrody, nadzór, edukację, współpracę z mieszkańcami oraz koordynowanie działalności gospodarczej i turystycznej zgodnie z celami ochronnymi.
W 2019 roku zatwierdzono plan zarządzania parkiem na lata 2018–2027. Dokument określił cele ochrony przyrody i krajobrazu, zasady użytkowania terenu, kierunki rozwoju społeczności lokalnej oraz zadania dotyczące udostępniania obszaru i monitorowania jego zasobów.
W 2019 roku Park Krajobrazowy Strunjan wpisano na listę obszarów specjalnie chronionych o znaczeniu śródziemnomorskim – SPAMI, prowadzoną w ramach systemu ochrony Morza Śródziemnego Programu Środowiskowego ONZ.
Budowa geologiczna i klify