Występują w niej niemal wszystkie typy dna charakterystyczne dla słoweńskiego wybrzeża, w tym dno skaliste, żwirowe, piaszczyste i muliste.
Na twardym podłożu rozwijają się zbiorowiska glonów i gąbek, natomiast piaszczyste i muliste partie dna zajmują podwodne łąki traw morskich, w tym Cymodocea nodosa. Zróżnicowanie podłoża i warunków świetlnych sprzyja występowaniu licznych gatunków ryb i bezkręgowców dennych.
W wodach parku stwierdzono 83 gatunki ryb, odpowiadające około 45% gatunków odnotowanych w słoweńskiej części Adriatyku. Obszar jest również wykorzystywany przez butlonosy zwyczajne oraz młode żółwie karetta, które w cieplejszych miesiącach żerują w tej części Zatoki Triesteńskiej.
Do zagrożeń dla ekosystemów morskich należą intensywny ruch turystyczny, kotwiczenie jednostek pływających, rybołówstwo przybrzeżne, zanieczyszczenia oraz mechaniczne niszczenie dna i organizmów żyjących w płytkich wodach.
Saliny w Strunjanie
Saliny powstały na równinie aluwialnej u ujścia potoku Roja. Osady naniesione przez ciek podniosły dno doliny i umożliwiły utworzenie płytkich pól solnych, grobli, kanałów i zbiorników służących do zagęszczania wody morskiej.