Był jednym z głównych fundatorów kościoła Podwyższenia Krzyża Świętego w Goworowie, budowanego w latach 1880–1887, według projektu Feliksa Nowickiego.
Zmarł w swym mieszkaniu w Warszawie przy ulicy Chmielnej 10 12 lipca 1907 roku. Po jego śmierci majątek został podzielony między spadkobierców, a część dóbr odziedziczył jego syn Władysław Bonifacy Glinka, późniejszy pisarz i działacz społeczny. Pochowany został na cmentarzu parafialnym w Goworowie. W znajdującej się w goworowskim kościele kaplicy znajduje się również popiersie i epitafium Mikołaja Zenona Glinki. Mikołaj Glinka jest również uhonorowany popiersiem w parku rzeźbym plenerowej w muzeum w Szreniawie, skupiającej podobizny wybitnych działaczy rolniczych.
Rodzina
Pierwszą żoną Mikołaja Zenona Glinki była Maria Watta-Kosicka, córka Modesta Wita Watta-Kosickiego, prawnika, profesora Królewskiego Uniwersytetu Warszawskiego. Para wzięła ślub w kościele św. Krzyża w Warszawie 3 września 1854 roku.