Sieć hydrograficzna Obszar wsi należy do zlewni rzeki Wisłok. Przez obszar wsi przepływa rzeka Jabłonka Malinowska, która jest prawobrzeżnym dopływem rzeki Wisłok. Charakterystyczną cechą doliny rzecznej Jabłonki Malinowskiej jest występowanie stromych zboczy (gł. lewobrzeżne) dochodzących nawet do 12 metrów. Zasoby wód podziemnych są małe. W regionie występują wody gruntowe – czwartorzędowe. Zwierciadło tych wód nie jest ciągłe, zależy od warstw słabo przepuszczalnych i morfologii terenu. Wydajność tych wód jest mała, nie przekracza 2 m³/h. Przeważa tu spływ powierzchniowy nad wsiąkaniem.
Gleby Wraz ze zróżnicowaniem wysokości zmianie ulegają warunki glebowe. Gleby w Jabłonicy Polskiej w około 2/3 obszaru stanowią utwory pochodzenia wodnego. Są to w przeważającej części stare i współczesne terasy rzeczne, które wytworzone zostały przeważnie z glin. Pozostały obszar przypada na utwory powierzchniowe – górskie (flisz karpacki) o rzeźbie erozyjnej.