Od IX wieku miejsce wcześniejszej bazyliki zajmowały dwa równoległe obiekty. Po stronie północnej znajdowała się romańska katedra pod wezwaniem Wniebowzięcia Najświętszej Maryi Panny, wzmiankowana od XI wieku. Po stronie południowej istniała karolińska kaplica mieszcząca relikwie św. Justa, przeniesione na wzgórze prawdopodobnie w X wieku. W absydach obu kościołów w XII i XIII wieku wykonano mozaiki o tradycji bizantyńskiej i wenecko-rawenneńskiej.
Połączenie świątyń rozpoczęto z inicjatywy biskupa Antonia Pedrazzaniego, sprawującego urząd w pierwszej połowie XIV wieku. Rozebrano prawą nawę kościoła Wniebowzięcia oraz lewą nawę kaplicy św. Justa, a powstałą przestrzeń przekształcono w szeroką nawę główną, przykrytą drewnianym stropem o przekroju przypominającym odwrócony kadłub statku. Prace zakończono za rządów biskupa Enrica von Wildensteina w końcu XIV wieku; biskup konsekrował połączoną świątynię i jej nowy ołtarz główny.
W XIV wieku do naw bocznych dobudowano kaplice św. Serwula, św. Karola oraz Skarbca. Rozbudowano również późnoromańską kaplicę św. Jana, znajdującą się w miejscu dawnego baptysterium wczesnochrześcijańskiego.